異なるバージョンのMakerArrayをSubscribeするとrvizがエラーを吐き可視化できません。バージョンの違いを検出する仕組みとしては、/opt/ros/*version*/include/visualization_msgs/MarkerArray.hに直書きされてるmd5値を照合しています。
今回の場合は、
- ROS Indigoの/opt/ros/indigo/include/visualization_msgs/MarkerArray.hに書いてあるmd5値をコピー、
 - ROS Kineticの/opt/ros/indigo/include/visualization_msgs/MarkerArray.hに書いてあるmd5値をIndigoのものと同じになるよう変更
 - rvizのソースをダウンロード
 - コンパイルしてパスを通す
 - rosrun rviz rvizで実行
 
みたいな感じで、同一のmd5値にしてあげることでエラーを回避できます。
Makerの場合も多分同様の方法で解決可能だと思います。(maker.hにもmd5値が書いてあるのは確認した)
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